1、荔枝里面黑色的是病菌。一般来说，新鲜荔枝的果肉颜色为透明或乳白色，并不会有黑点的情况，若是出现了黑色，多半是因为存放时间过长，荔枝被病菌入侵引起的果皮变色，是不建议继续食用，其次，时间过长荔枝中的水分和维生素、碳水化合物等营养成分也会大部分流失，对食用价值也有所影响。
2、若荔枝外壳变黑但内部果肉没有变质情况，那么是可以继续食用的，并不会对自身健康有很大的影响，只是在口感和营养上没有外壳为红色的荔枝好吃。
3、若是荔枝外壳变黑且内部果肉有明显异味等变质情况，那么是不建议继续食用的，这样的荔枝已经滋生了大量的细菌等有害物质，继续食用的话，会积累体内毒素，从而刺激人体胃部，可能会引起腹痛、腹泻等不适情况。一般来说，为了荔枝的保存，最好将荔枝放置在阴凉干燥处，避免潮湿环境。