1、外观颜色上有差异，青花椒是灰绿色，红花椒外表颜色为棕红色或紫红色，颜色较深。青花椒是刚新采收下来的花椒，是纯天然的，而后者是经过处理的，经过了晾晒或烤制，这样外皮颜色就变成了红色。味道上略有些差别，青花椒比较的鲜，味道闻着比较的香，一般炼制出来用作凉拌，能提高菜品的味道，红花椒更麻一些，闻着味道并没有多麻，但是用作烹饪会更香。
2、大面积种植的地区也有一点区别，青花椒主要的产地在吉林、黑龙江、辽宁、江苏、河北等地区，福建、湖北、安徽、内蒙古、湖南也有分布。红花椒主要的产地在山西、陕西、河北、甘肃等地，除了这些，四川、山东、青海等地也有分布。