1、叶子区别。山茱萸叶子对生，呈纸质，叶片的形状呈卵状披针形或卵状椭圆形，长5.5到10厘米，宽2.5到4.5厘米，叶子的先端逐渐变尖，基部呈宽楔形或接近圆形，叶子全缘，上面绿色，下面浅绿色。吴茱萸叶子有5到11小片，小叶薄或是呈厚纸质，叶片呈卵形、椭圆形或是披针形，长6到18厘米，宽3到7厘米，叶子全缘或接近浅波浪状，小叶的两面以及叶轴长有绒毛。
2、花朵区别。山茱萸伞形花序生长在枝侧，花瓣有4枚，呈舌状披针形，长3.3毫米，呈黄色。吴茱萸花序顶生，花朵的萼片以及花瓣都是5枚，花瓣长3到5毫米，花瓣的腹面长有绒毛。
3、果实区别。山茱萸核果长椭圆形，颜色呈红色或紫红色，长1.2到1.7厘米，直径5到7毫米。吴茱萸果序宽3到12厘米，果实成熟时暗紫红色，有油点。