1、吃生鸡蛋易患疾病。生鸡蛋，或者未煮熟的鸡蛋，都有可能含有沙门氏菌，这是一种有害细菌，通常在蛋壳上会有，蛋内偶尔也会发现，如吃生鸡蛋感染沙门氏菌后，会出现诸如胃痉挛、腹泻、恶心、发烧等症状，可能持续3-7天，一般人在不需要抗生素的情况下，就可以自愈。但是，免疫系统受损的人，通常不能很有效的对抗沙门氏菌，如果治疗不当，可能导致脱水并诱发致命的疾病，这就是生鸡蛋的风险所在。
2、生鸡蛋中的蛋白质不易消化。生鸡蛋中有抑制胃蛋白酶活性和肠蛋白酶活性的抗胰蛋白酶，使鸡蛋中的大量蛋白质无法被人体消化吸收。不被吸收的蛋白质在体内可产生很多有害物。抗胰蛋白酶受热会失去活性，因此煮熟鸡蛋有利于营养物质的消化吸收。
3、生鸡蛋导致生物素缺失。生鸡蛋中含有一种蛋白，可以和人体生物素发生反应，生成难以被人体消化的物质，导致人体生物素缺失。生物素不足可影响人体对其他营养物质进行消化，引起消化不良和营养物质缺乏。熟鸡蛋中这种蛋白质变性，所以日常生活中最好不食用生鸡蛋。