1、位置不同。德雷克海峡位于南美洲和南极洲之间，纬度较高。麦哲伦海峡位于南美洲南端，位于德雷克海峡的北边，纬度较低。
2、海域不同。德雷克海峡连接太平洋和大西洋，是世界上最宽的海峡。它位于南美洲南端与南极洲的南设得兰群岛之间，东间长约300公里。麦哲伦海峡是南美洲大陆南端同火地岛等岛屿之间的海峡，由地壳断裂下陷而成，长约563km，宽3.3～32km，海峡内寒冷多雾，并多大风暴，是世界上风浪最猛烈的水域之一。
3、名称由来不同。德雷克海峡是以发现者16世纪英国私掠船船长弗朗西斯·德雷克的名字命名，德雷克本人最后并没有航经该海峡，而选择行经较平静的麦哲伦海峡。麦哲伦海峡西班牙语作Estrecho de Magallanes，位于南美洲大陆南端和火地岛、克拉伦斯岛、圣伊内斯岛之间。因葡萄牙航海家麦哲伦1520年到此考察而得名。