1、结构不同。结构不同是水沫玉和翡翠主要的区别之一，水沫玉的晶体颗粒结构为纤维状或粒状结构。而翡翠的肉质细腻，晶体颗粒非常细小，会以微小的柱状或纤维状结构排列。
2、翠性不同。此外翠性不同也是水沫玉和翡翠的区别，翠性是翡翠的特征之一，是翡翠特有的一种现象，可以作为判断翡翠的依据。而水沫玉虽然外观与翡翠相似，但是不会显翠性。
3、光泽度不同。从水沫玉和翡翠的光泽度来看，水沫玉的折射率为1.52～1.54，而翡翠的折射率为1.66。因此翡翠的折射率更强，呈现出来的玻璃光泽会比较耀眼、亮丽，而水沫玉的反射光泽会相对暗淡。