1、温度。温度控制是辣椒贮藏的基本条件。辣椒对低温非常敏感。当温度低于9℃时，易受冷害；当温度高于13℃时，易老化、腐烂。辣椒夏季贮藏温度一般为10℃－12℃，冷害温度一般为9℃；秋季贮藏温度一般为9℃－11℃，冷害温度一般为8℃。采用两段式温度可以延长辣椒的贮藏期。
2、湿度。保证湿度也是辣椒贮藏的重要条件。辣椒贮藏适宜的相对湿度为90％－95％。辣椒易失水，低湿度会使果实失水枯萎。使用塑料密封包装袋可以很好地防止水分流失。另一方面，辣椒对水非常敏感。密封包装中的高湿度和高冷凝水会加速病原菌的活动和疾病的发展。因此，在装袋前必须充分预冷，以保持湿度稳定。采用无滴膜和高透湿膜，加调湿膜可控制冷凝和过湿。
3、气体。采用气调贮藏是提高辣椒保鲜效果的有效途径。控制气藏的适宜气指数一般为2％～7％氧气和1％～2％二氧化碳。包装中过多的二氧化碳积累会导致萼片变成褐色和水果腐烂。目前，国内外常用PVC或PE塑料小包装进行空调制冷，但二氧化碳在储存中的浓度往往很高，因此需要用二氧化碳吸收剂降低其浓度。
4、防腐。辣椒必须保存，否则会引起大量腐烂，即使辣椒在收获后立即放在合适的温度下，也只能短期存放。如果要长期保存，必须在入库时保存。可以说，防腐与其他贮藏条件的结合是辣椒贮藏的两个重要环节。