1、刘裕要把司马懿后代灭族的最重要的原因是为了稳定自己的新兴政权。刘裕虽说先祖是汉朝宗室，但到了自己这个时候他只是个泥腿子，能有如今的成就，他全靠自己。一般来说这种靠自己能力打天下的人，往往更怕自己的天下被夺去，比如刘邦、朱元璋这样的，都对自己天下有威胁的人很小心谨慎，甚至是猜忌。而当时有不少人依旧念旧主，比如前头说的那个宁愿自己死，不愿去毒杀司马德文的张伟，这很难不让刘裕多想。
2、而刘裕在称帝后，他抑制士族，重用寒门，他也很担心士族势力因为不服自己的政策选择扶持司马氏叛乱，使得司马氏政权会死灰复燃，对于他来说只有赶尽杀绝才是最保险的，这样让想造反的士族没有任何借题发挥的机会。
3、再者当时还有一个相当现实原因，刘裕称帝时五十七岁，他深知自己时日无多，而自己的接班人宋少帝刘义符才十七岁，而且心智未开还是个只知玩耍嬉戏的孩子，实际懂得的还不如十七岁的少年，为了儿子着想他也得杀光司马氏以免以后出现后患。