1、“实施意见”是法定公文“意见”的一种类型，指机关单位为贯彻落实上级有关文件精神，对某一时期的某项重要工作或重大活动阐明指导思想、明确目标任务、提出措施办法、作出具体安排，要求下级结合实际贯彻执行的公务文书。“实施办法”则是事务文书“方案”的一种，指机关单位为贯彻执行上级机关的意见、计划等，从自身实际出发，对某一重要工作或重大活动作出周密部署、具体安排。
2、“实施办法”比“实施意见”效力要高，前者是国务院制定的，后者是地方政府和部门制定的。
3、“实施意见”影响相对人权利义务，是规范性文件，不能称为法规。“实施办法”一般是行政法规。
4、实施意见是给了一个意见，指明了实施的核心方向，作用在贯彻精神层面。而实施办法是具体的实施安排。