1、把保护和恢复生态系统放在首位。
在对南方荒漠化防治的过程中，应加强宣传，使全民关注实现人与自然的和谐共处。保护恢复生态系统首先要坚持预防为主。加强保护和恢复植被，应严禁滥伐林木、对陡坡的开垦、不合理的工矿交通建设和对土壤污染等行为，遏制人为破坏造成红色荒漠化。其次要从人口、资源、环境协调发展的高度，积极开展综合治理，同时要注重充分发挥生态的自我修复能力。
2、优化措施配置，实施综合防治。
大力开展以小流域为单元的综合治理，工程措施、生物措施和农业措施优化配置，以基本农田建设为基础，搞好水资源的合理开发利用。
工程措施：打坝建库、平整土地、护坡固沟等。
生物措施：植树种草。要做好幼林抚育、封山护林、育草工作。
农业措施：大力发展经济林草，对25度以上陡坡耕地有计划、有步骤地退耕，促进农业生产结构调整，恢复和建设良好生态环境；同时在农民家中发展沼气、改建省柴灶等来减少污染，节约能源。
3、实施分区防治战略。
划分重点预防保护区、重点监督区和重点治理区，分区实施不同的防治对策和治理措施。例如长江上中游、淮河上游、珠江上游等降水在600毫米以上的区域为重点预防保护区，以保护和自然恢复植被为主，局部地区采取人工种植林草，同时加大退耕还林力度，因地制宜地科学地兴建各种水利设施。
4、加强宏观管理和工程管理。
重点抓好水土保持法律法规和政策的研究、制定和颁布实施；建立和完善水土保持法律法规体系和监督执法体系；搞好全国水土流失监测网络建设和监测预报。
要加强三个方面的管理：一是加强水土保持建设项目的前期工作管理。加大前期工作力度，做好项目储备。要做好重点水土保持建设项目论证工作。二是加强水土保持生态建设管理。严格实行项目法人责任制、招投标制、建设监理制。三是加强水土保持工程的运行管理。加强已建工程管理，充分发挥已建工程效益。明确工程管理体制和运行机制，明确划分工程性质。