1、介质不同:芯片银行卡即是金融IC卡，它是以芯片作为介质的银行卡，卡的正面有一个芯片，支持闪付功能。而磁条卡是利用磁性载体记录英文与数字信息，用来标识身份或其它用途的卡片。通过定义可以看出，二者载体不同，一个是利用芯片，一个是利用磁条。当然芯片卡又分为分为纯芯片卡和磁条芯片复合卡，磁条芯片复合卡比磁条卡多了一块芯片。
2、安全系数不同：芯片卡的容量大（储存量是磁条卡的160倍），可存储密匙、数字证书、指纹等信息，卡上有读写保护好数据加密保护，并且在使用保护上采取个人密码、卡与读写器双向认证，防止卡片数据被复制，具有更高的安全性。磁条卡在通过写磁设备后会被不法分子利用进行伪卡的盗刷，安全系数较低。
3、工作原理不同：芯片卡比磁条卡多了个芯片，在付款时除了要刷磁条外，还要验证芯片。