1、最简单的保存方法：如果冬虫夏草不多，可找一个能密封的瓶子，将冬虫夏草放进去，先用保鲜膜封好口，再旋紧瓶口，放于冰箱的冷藏室，便能保存很久。
2、用花椒除虫去湿：冬虫夏草的保存关键是防虫、防蛀、防湿，为了防虫，可在冬虫夏草内放些花椒去虫，再放些干燥剂，然后密封于瓶子里，这样便能保存很久。
3、保存前放于冰箱的冷冻室一夜：如果担心冬虫夏草会生虫，除再放些花椒外，还可将装了冬虫夏草的瓶子放于冰箱的冷冻室冻上一夜，将虫卵冻死，就不会生虫子了。
4、用太阳晒或炭火：如果发现冬虫夏草已变软受潮，可将之放于阳光下暴晒，或者放于炭火为烘烤一下，然后再装于瓶口中密封保存。
5、用真空保存装袋保存：市面上有一些可抽气的真空保存袋，可购买一些小的袋子，用抽气泵抽去里面的空气，然后放于冰箱冷藏，也可保存很久。
6、分包装保存：任何中药都是有保质期的，冬虫夏草也如此，为了防止变质生虫子、药性不失效，一次性最好不要购买太多，最好能在半年内吃掉；如果购买量非常多，可将之拆成小包装，分开保存。